Non ho capito: il sub deve diventare un tutt'uno col video nel senso che i sottotitoli devono risultare "renderizzati" già sovraimpressi oppure, più banalmente, il file dei sub deve in qualche modo essere inglobato nel file video?
Se ho capito a tatti devi.Prendere l'mkv.Estrarre lo stream video, lo stream audio e i sub.Prendere il video, l'audio che ti interesas, e altri sub.Hardsubbare il videoRicomprimere tutto in codec dvx.Auguroni
Probabilmente su linux basterebbe mplayer/mencoder. Però è a linea di comando